Le nom de Bernex tirerait son origine du nom celte Brenay. La configuration de la commune remonte très loin dans le temps. A l'époque celtique, les cours d'eau étaient considérés comme des limites naturelles. Le coteau de Bernex domine un territoire délimité au nord, nord-ouest par le Rhône, au sud, sud-est par la plaine marécageuse de l'Aire et à l'ouest par le nant de Goy, éventuellement l'Eaumorte, selon ce que devraient être les limites de la Campania (Champagne), à l'est par le nant et la forêt de Gilly (Grand-Lancy).
Après les Celtes, les Romains se sont installés à Bernex. Au moyen-âge, un certain nombre de lieux, du côté de Vuillonnex relèvent du chapitre cathédral de Genève. Durant un certain temps, une seule commune réunissait Bernex, Onex et Confignon. Elle fut rattachée à Genève par le traité de Turin en 1816. C'est en 1851 que la commune de Bernex fut créée.