La commune compte 7 villages et hameaux, à savoir Bernex, Lully, Sézenove, Loëx, Chèvres, Cressy et Challoux. Son point culminant se situe à 506 mètres, au Signal de Bernex, qui constitue le second point le plus haut du canton.
Le territoire de Bernex est entouré au sud-est de la commune de Perly-Certoux, à l'est de celle de Confignon, au nord-est de Vernier, au nord de Satigny, au nord-ouest d'Aire-la-Ville, à l'ouest de Cartigny, au sud-ouest de Laconnex, et au sud de Soral. Ses deux principaux cours d'eau sont le Rhône qui fait la frontière avec Vernier et Satigny, et l'Aire qui fait la frontière avec Perly-Certoux.
Du haut du Coteau
Si l'on monte aujourd'hui au sommet du coteau du Signal et que l'on contemple le paysage dominé, on constate que d'est en ouest par le nord, la Commune est ceinturée de bois profonds qui masquent le Rhône :
bois des Mouilles, de Chèvres, de Châtillon, de Saint-Victor, puis ceux moins massifs de Challoux à Sézenove. Entre eux, un grand espace de prairies et de cultures et, de l'autre côté, ce sont les vignes qui tiennent les hauteurs.
Extrait de l'ouvrage "Autour du Coteau de Bernex" de P. Bertrand - Dessins A. Jiranek